加快促进长三角地区一体化发展，不仅是建设长江经济带等国家战略的需要，也是上海“四个中心”以及国际大都市建设的必然要求。“十三五”时期是长三角一体化发展在新历史起点上的重大机遇期，应该从建设创新发展、协调发展、绿色发展、开放发展、共享发展五大发展理念示范区的高度重新思考定位长三角一体化发展。尤其是，长三角要在国家推进“先发优势”创新战略中发挥示范作用，在长江经济带建设、长江生态协同保护中发挥协调发展和绿色发展的龙头引领作用，发挥上海自贸区在我国深化对外开放中的引领带动和示范服务作用。因此，从建设五大发展理念示范区的定位，“十三五”时期长三角一体化发展应该重视以下几方面问题。
一、关注京津冀协调发展战略及其实施过程，在比较借鉴中为长三角一体化发展寻求破解行政分割、构建统筹协调机制的新思路、新政策与新措施。
京津冀协调发展与长三角一体化发展作为国内两大区域发展战略，互相比较借鉴是保证两大战略有效推进的科学方法。长三角区域一体化起步较早，市场化协同发展程度较高，基本上是以市场为基础的、自发的经济一体化过程，在市场导向区域经济发展一体化已积累了许多经验，可以认为是“市场演进型”发展模式；京津冀协调发展则是国内首次由中央政府主导推动区域发展战略，未来发展势头和动力强劲，基本可以认为是“政府推动型”模式。从区域协同发展机制来看，这两种模式各有利弊。“政府推动型”模式由于中央高度重视和国家政策的大力支持，有利于加强统筹协调，增强合作共识，具有系统性、整体性和协调性的特征，从而有利于破解本来就是由于行政划分而引起的体制机制障碍。但是，这种模式的市场机制培育还有待进一步加强，理想的路径是中央政府提供区域协同发展的基础设施条件和制度基础条件，引导市场化力量推进区域协同发展；“市场演进型”模式由于经过长时间市场主导自发演进，从而有利于发挥市场在资源配置中的决定性作用，有利于经济效率的提高。但是由于行政分割等形成的体制机制障碍无法破除，市场要素市场化流动一般并不充分，区域协调发展的进程往往比较缓慢，也很难深度推进。
从长三角一体化发展的看，虽然目前也已经“三级运作、统分结合”的区域协作机制。但在现行的行政管理层级制度下，尽管区域内各城市自上而下的垂直领导和利益互动机制已经较为成熟，但跨区域层面、区域内部各城市之间的水平合作机制还有待加强。如何通过体制机制创新来打破条块分割，消除隐形壁垒，破除制约协同发展的深层次矛盾和问题，是“十三五”时期长三角一体化发展的关键。在这方面，京津冀协同发展战略在中央政府推动下，已经针对行政分割及地方保护主义、合作的制度安排不足、基础设施有待完善、区域竞争大于合作以及中心城市的辐射带动作用不够等体制机制问题，开始一系列的探索，特别是在加大改革力度、创新驱动发展、开展试点示范、解决“大城市病”和疏解非首都核心功能、重点领域率先突破等方面，提出的一系列改革举措和试点方向，尝试构建协同发展的大环境机制和平台载体，这可以为长三角地区加快区域一体化发展提供重要借鉴。
二、推动中央政府加强顶层协调指导与培育社会市场力量积极参与“上下协同”，进一步完善长三角区域一体化发展的体制机制。
“十三五”时期中央政府要在推动长三角区域一体化发展中更加重要的作用。（1）创新组织和管理模式。在现有的模式基础上，考虑建立更高层面的，超越地方行政区域利益的统一协调机制。初步考虑可以在国务院建立“长三角区域发展例会制度”，定期（一季度或者半年）召开研讨决定有关长三角区域发展的重大问题。与会人员包括国务院领导、有关国家部委以及长三角地区的地方领导。同时，在国家层面相应地设立专家咨询委员会，为高效推动长三角协同发展提供强有力的领导和智力支持。（2）加强规划的衔接，推动规划层面的协调。抓紧研究和编制《长三角区域一体化发展规划纲要》及相关的专项规划。长三角区域一体化发展的基础条件较好，为增强规划的科学性，可借鉴负面清单的管理模式，重点突出体制机制创新以消除行政壁垒和地方保护主义。要实现长三角各城市、地区之间重要规划的对接，特别是土地利用规划、城市总体规划、重大基础设施规划和重要产业布局规划之间的对接。此外，还要完善规划的协同评估机制。（3）建立健全区域协调发展的实施机制。包括改革不合理的政绩考核体系，更加注重经济发展质量的提高和发展方式的转变，弱化地方政府对GDP增长数量上的追求；建立和完善区域利益协调机制，主要是区域利益的补偿机制和共享机制。如探索建立区域生态补偿的长效机制、产业疏解转移中的利益共享机制、跨行政区的规划实施资金保障机制等。
消除体制机制障碍，进一步培育推动长三角一体化的社会市场力量。一方面促进区域资本整合，区域技术合作和人才流动，建立统一开放的人力资源、资本、技术、产权交易等各类要素市场，实现生产要素跨区域合理流动和资源优化配置，并建立与国际接轨的统一市场规则等。另一方面，积极推进各种社会组织和公众参与长三角一体化进程。相对于政府和企业来说，行业协会、中介机构、大学、研发机构等各种社会组织在区域合作中会起到越来越重要的作用。在长三角一体化发展中，应积极创造条件让各种社会力量参与决策和建设，积极推动大学、科研机构、公共服务机构、交易市场等机构的跨地区发展和整合，形成一体化运作的体系和机制，例如，可以成立长三角地区的高等学校联盟。引导建立区域性的行业协会，通过行业内部的协商来形成行业规范、产业标准等，来促进区域产业联动发展。
三、以交通等基础设施一体化、生态环境共防共治和区域协调创新共同体建设为重点领域，推动长三角区域协同发展取得突破。
加快推进区域交通等基础设施的互联互通是长三角一体化发展的重要保障。重点是统筹协调，加强城市群内跨行政区的交通等基础设施的综合规划和建设。（1）加快区域通道建设。加快建设上海直达长江经济带中西部主要城市的高速铁路、高速公路和航空网络。进一步加强干线、城际通道建设，特别是上海与沪通、沿海等铁路通道的规划和建设。强化干线铁路与城际铁路、城市轨道交通的高效衔接，建设高效密集的铁路交通网。加快推进长三角主要城市间跨省市高速公路网建设，加快推进区域道路客运交通互连共通。同时，推进全国性沿海高速铁路和沿海高速公路建设。（2）加强综合运输枢纽建设。加强铁路客运专线、城际铁路和干线铁路建设及其与港口、空港、城市轨道交通等的衔接，建设以枢纽机场为核心，多种交通方式汇集的一体化综合交通枢纽。（3）加强国际枢纽港建设。充分发挥上海国际航运中心的引领作用，促进区域内机场群和港口群等的合理分工定位，协调发展。推进区域内机场、沿海港口的现代化建设，优化资源配置，完善集疏运体系，提高综合运输能力。扩大江海联运范围，加强长江干支流高等级内河航道建设，为深化国际互联互通奠定交通载体。（4）推进运输服务一体化。建设长三角综合交通信息平台，提升交通智能化管理水平。加快推进长三角区域内城市公交“一卡通”的互联互通。
生态环境联防联治也是推动长三角一体化发展的重点任务。建议按照十八届五中全会精神，在全国率先建立跨行政区环保机构——长三角地区生态与环境管理委员会,负责长三角地区环境与生态的规划、法律、标准、政策体系，实现长三角地区生态环境的共防共治，包括统一规划、统一监测、统一处罚、统一建设、统一出资、统一补偿等，具体可以重点推动以下几方面工作。一是建立长三角环境监测平台，长三角地区生态环境的环境监测数据及空气质量预测预警信息共享、重污染天气应急联动，进一步探索太湖流域和长江流域水污染共防共治机制等。二是要明确长三角区域生态环境建设与保护的目标和重点，着重解决共同关注的区域性重大生态环境问题。三是建立统一的环境准入和退出机制，构建区域生态环境监测网络，建立覆盖整个长三角地区所有固定污染源的企业排放许可制度；四是加强大大气污染治理，确定大气环境质量底线，协同推进碳排放控制，加快推进低碳城镇化；五是实施清洁水行为，开展饮用水水源地保护，共同治理流域污染，推进土地与地下水治理和农村环境改善工程；六是优化生态安全格局，划定生态保护红线，实施分区管理。
大力实施创新驱动战略，推动区域协同创新共同体建设。要充分利用长三角整体创新能力较强的特点，特别是上海的人才和研发机构的优势，加强区域间技术创新合作，共建中心城市与其他城市区域技术创新协作网络；借鉴京津冀的做法，推动形成协同创新共同体，着重从强化协同创新支撑、完善区域创新体系、整合区域创新资源等方面，构建分工合理的创新发展格局，打造全国科技创新高地。
四、建立产业协同发展机制和培育产业协同发展载体，促进产业优化布局和产业联动发展。
进一步明确上海和长三角的产业发展定位，发挥上海、长三角城市群、长江中游城市群和成渝城市圈之间的互补优势，构建合理的产业分工体系，完善产业转移和对接合作机制，加快区域产业转移。可借鉴京津冀的经验，制定区域产业准入目录，实行市场准入负面清单管理。建立科学合理的跨省市投资、产业转移、园区共建、科技成果落地等项目的收益分配体制，研究制定产业转移对接企业税收收入分享方法。
要重视培育产业协同发展载体。（1）培育跨区域产业集群。产业集群可以说是实现区域产业联动及协同转型升级最有效的方式。进一步发挥产业集群在促进城市间新型分工合作关系形成中的重要作用，将促进传统产业集群的转型升级与培育跨地区的新兴产业集群作为区域内产业协同转型升级的重要手段。（2）鼓励跨区域间企业联盟。鼓励跨地区乃至跨国别的关联企业通过兼并、重组、整合形成若干具有规模优势的企业集团，如长三角地区的石油产业、服装工业、家电业等都有一定的相似性和互补性，可以推动产业重组和跨区域联盟，形成一批立足长三角地区甚至跨国发展的巨型企业集团，带动跨地区的产业发展。建立和完善企业服务体系，发挥科研机构、服务中心、行业协会等中介服务机构的整体功能，使企业在研究开发、咨询、管理、后勤等方面得到一体化的服务，尤其是区内科研院所、企业研发中心和研发机构应积极主动地寻求合作，共同进入国际研究开发网络系统，融入到国际化研究开发的新环境中，从而逐步培育一批跨区域的、高科技的大型企业集团。（3）促进合作共建开发区。北京利用中关村的品牌、管理等方面的优势，通过合理的利益分享机制，共建产业园区，加快产业向周边地区的整体转移。长三角可以借鉴北京的经验，鼓励中心城市的开发区，利用自身的管理和营销经验，人才和资金优势，采取合资、合作、参股、委托等多种方式，利用周边地区土地等方面的优惠，提供资金、管理人才、品牌等合作共建开发区，按照中心城市开发区的体制进行管理，按生产要素投入比例分享利益。
建立产业协调发展机制，并不意味着使用更强的产业政策，而应该更重视竞争政策的使用。竞争政策可以消除一切妨碍资源流动的因素，各个地区可以实现资源无障碍的流动。“十三五”时期要促进长三角一体化进程，就要确立竞争政策的基础性地位，以及加快建立竞争政策与产业、投资等政策的协调机制。长期以来一直实施的政府选择、特惠措施为主的产业政策取向，在新时期要转向普惠性、促进公平竞争和科技进步的产业政策取向，从而促进竞争政策基础地位的逐步实现。这意味着在产业协调发展中，深化长三角地区的市场一体化更为重要，要围绕构建市场准入、税收、标准、监管、信用、信息等各个方面建立一体化的大市场，逐步形成长三角乃至长江经济带的经济共同体。
五、发挥上海作为长江经济带龙头的带动作用，打造具有全球影响力的世界级研发创新中心与复杂性一体化产品制造基地。
长江经济带横跨东、中、西三大经济区，区域经济发展阶段存在明显的梯度差异，上海市是整个长江经济带中唯一的一个已经达到后工业化阶段的省级区域，其龙头地位十分突出。与京津冀不同，长三角城市群是单核结构，上海作为核心具有强大的吸引能力、辐射能力和综合服务能力，需要通过产业联动带动长三角地区产业转型升级和经济发展，并对整个长江经济带的经济社会发展起到引导作用。发挥上海在长三角的龙头带动作用，不仅是中央赋予上海的一项重要使命，同时也上海自身发展的需要。与北京一样，上海在加快“四个中心”和国际大都市建设中也面临着资源环境约束趋紧、人口过度集中带来的大城市病、转型压力大、创新能力有待进一步提升等突出的问题，也迫切需要推进长三角一体化来疏解非核心功能、实现自身完善和发展。
从整个长江经济带看，上海具有科技创新资源集中与自贸区制度资源。无论是从国家需要，还是从上海自身发展阶段的决定，上海都应该定位为打造具有国际影响力的世界级科技创新中心。一方面，上海要积极借鉴国内外经验，突破行政区限制，将一部分非核心的经济和生活功能向周边中小城市疏解，应对住房、交通、环境等“大城市病”，促进城市有序分工及城市良性发育，同时要与南京、杭州、合肥、苏州等二级中心城市协同发展，构建分工合理、功能协同的长三角城市群；另一方面，结合自贸区建设，发挥上海国际交流合作以及在制度创新、平台资源、合作经验等方面优势，探索建立跨行政区的、面向国际的、开放式产学研一体化发展机制，整合长三角地区乃至国际上的科技创新资源，构建鼓励创新要素在区域内自由流动的环境机制，协同打造具有全球影响力的科技创新中心。
对于上海而言，必须认识到制造业对上海“四个中心”定位的意义。上海定位为科技创新中心，并不意味着一定抛弃或者迁移所有的制造业。美国等发达国家的经验（或者教训）是，只有模块化的简单产品才可以将研发与制造环节分开，将制造环节外包的其它地区。而对于一体化复杂性产品，因为需要制造环节和研发环节的频繁互动，当制造环节外包后，整个制造业也就无法创新发展，甚至研发环节也只能随着制造环节而转移出去，于是整个制造业也就失去了。上海在定位为具有国际影响的科技创新中心同时，应该与长三角城市群一起成为世界级的高端制造基地，以复杂性一体化产品制造为核心，在中国制造业转型升级发挥引领作用。如果说，基于《中国制造2025》，中国在2025年步入制造强国行列，那么上海引领整个长三角将成为制造强国建设的核心示范区。
